Varnių mieste, dešiniajame Varnelės krante, stovinčiai Šv. aapaštalų Petro ir Pauliaus bažnyčiai suteiktas kultūros vertybės statusas, tačiau pirmoji Varnių katedra iki šių dienų neišliko. Dar 1421 m. pradėtos statyti šventovės pėdsakų vėliau vykdant archeologinius tyrimus nerasta. Katedros Varniuose kilo kelis kartus – 1463 m., vėliau 1519 m. ir 1555 m., tačiau visos jos arba buvo nebaigtos statyti, arba neišliko iki šių dienų.

1681–-1691 m. žemaičių vyskupas kunigaikštis Kazimieras Pacas (1667–-1695 m.) savo lėšomis pastatė naują mūrinę bažnyčią, kurią po daugiau kaip šimto metų suniokojo gaisras. XIX a. pradžioje ją atnaujino žemaičių vyskupas Juozapas Arnulfas Giedraitis. 1864 m. gubernatoriaus Michailo Muravjovo įsakymu vyskupijos centrą iškėlus į Kauną, katedra tapo Naujųjų Varnių parapine bažnyčia.

Šv. apaštalų Petro ir Pauliaus bažnyčia yra barokinio, bazilikinio architektūrinio stiliaus. Jos vidų sudaro 3 navos ir 12 altorių. Didysis iš dvylikos altorių – 1694 m. sukurtas Karaliaučiaus meistro Maumo Polini, o  1853 m. restauruotas medžio drožybos meistro Woldemaro Kolbergo.

Bažnyčioje išlikęs į Kultūros vertybių registrą įtrauktas vyskupo sostas iš Motiejaus Valančiaus laikų. Kraustydamasis į Kauną vyskupas Valančius šį krėslą tyčia paliko Varniuose, kad kaip ženklas žymėtų senąją katedrą.

Bažnyčioje yra didelis valstybės saugomų Žemaičių vyskupų portretų rinkinys bei šventųjų paveikslai „Mykolas Arkangelas“, „Šv. Kazimieras“, „Šv. Stanislovas“, „Šv. Steponas“, „Trys karaliai“, „Šventoji šeima“. Visi jie įtraukti į Kultūros vertybių registrą.

1971 m. Šv. apaštalų Petro ir Pauliaus bažnyčiai buvo suteiktas kultūros vertybės statusas.