Die St. Alexander Kirche in Varniai, die Züge des spätlitauischen Barocks mit der traditionellen litauischen Holzarchitektur verbindet, kann als die älteste Kirche in ganz Niederlitauen angesehen werden. Wobei allerdings die ursprünglich auf Veranlassung von Vytautas dem Großen errichtete und 1417 eingeweihte Kirche mehrfach zerstört wurde und wieder aufgebaut werden musste.

Das heutige Kirchgebäude entstand 1779, wurde während der Sowjetzeit erheblich beschädigt und den Gläubigen erst danach zurückgegeben mit der jüngsten Restaurierung 1991.