Medininkų vyskupijos, ilgainiui tapusios Žemaičių vyskupija, steigimo metais Varniuose jau stovėjo parapijinė bažnyčia. Toje pačioje vietoje, kur šiandien stovi naujasis Šv. Aleksandro bažnyčios pastatas, anksčiau stovėjo kita, Vytauto Didžiojo rūpesčiu pastatyta ir 1417 m. pašventinta Šv. Aleksandro bažnyčia, pavadinta pagal krikščioniškąjį Vytauto Didžiojo krikšto vardą.

Nuo XV a. pradžios bažnyčia ne kartą perstatyta, o dabartinis jos vaizdas išliko nuo 1779 m. Statinyje sujungiami vėlyvojo Lietuvos baroko ir medinės liaudies architektūros bruožai. Po Antrojo pasaulinio karo okupacinės sovietų valdžios Šv. Aleksandro bažnyčia uždaryta ir suniokota, tikintiesiems ji grąžinta ir visiškai restauruota 1991 m.