1421–1842 m. Alsėdžiai priklausė Žemaičių vyskupams, o nuo 1465 m. tapo ir jų nuolatine rezidencija. Pirma bažnyčia Alsėdžiuose pastatyta XIV a. Tačiau ji, kaip ir XVII a. pastatytoji, iki šių dienų neišliko.

Dabartinė Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo bažnyčia iškilo 1793 m., kartu senosios vietoje pastačius koplyčią.

Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo bažnyčia bazilikinė, medinis jos statinys yra Žemaitijai būdingos piramidės formos. Jos centrinės navos stogas masyvus, dvišlaitis, virš apsidės – trišlaitis. Frontono viršuje – dviejų užapvalintų, apskardintų elementų bokštelis su kryžiumi. Centrinis altorius ir du mažesni šoniniai apsidėje – mediniai barokinių formų, su spiralinėmis kolonomis. Kultūriškai svarbūs medžio drožyba ir molbertinės tapybos darbais papuošti septyni altoriai.

Prie bažnyčios stovi XVIII a. pab. pastatyta medinė varpinė. XIX a. vid. Alsėdžiuose pastatyta koplyčia yra stačiakampio plano su trisiene apside, orientuota į rytus. Įėjimas, kitaip nei įprasta, yra ne priekiniame, bet šiauriniame fasade. Koplyčios dydis, planas ir tūris tipiški Žemaitijos koplyčioms, tačiau architektūros formos ir dekoras išskirtinai kuklūs.