Dabartinė Pakutuvėnų bažnyčia yra pastatyta 1941–1943 m. Pakutuvėnų kaimo gyventojų brolio ir sesers Justinos ir Juozapo Stropų bei Plungės klebono prelato Povilo Pukio iniciatyva.

1941 m. Kretingos apskrities inžinierius Jonas Zubkus parengė bažnyčios planą. Plungės komendantūra skyrė 600 maišelių cemento bažnyčios grindims, Plungės burmistras Edvardas Misevičius, klebono prašymu, bažnyčiai skyrė 1200 maišelių rusų palikto cemento ir 27 geležinius balkius.

Pakutuvėnų bažnyčia suplanuota stačiakampė, 24 m ilgio ir 12 m pločio. 1943 m. rugsėjo 26 d. Telšių vyskupijos vyskupas Vincentas Borisevičius naująją bažnyčią iškilmingai pašventino. Pradžioje buvo įrengti 3 altoriai, tačiau dabar telikęs vienas.

Bažnyčia turi klasicistinių bruožų. Šiuo metu bažnyčią administruoja vienuoliai broliai pranciškonai.