Telšių parapija įkurta 1536 m. Tais pačiais metais Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės kunigaikščio Žygimanto Senojo įsakymu pastatyta ir Telšių Švč. Mergelės Marijos ėmimo į dangų bažnyčia. 1612-aisiais joje įsteigta ir parapinė mokykla. Bažnyčia kelis kartus atstatyta bei perstatyta, šiuos laikus pasiekė tik 1619 m. nulietas bažnyčios varpas.

1700 m. pastatyta nauja bažnyčia nukentėjo per Šiaurės karą su Švedija ir tik po ilgo maro bei bado periodo 1788 m. pradėta remontuoti. 1814 m. Rusijos caro valdžios paliepimu uždaryta ir netrukus nugriauta. Po 1831 m. sukilimo caro valdžia atėmė ir bažnyčios žemes, sunaikino ant Vilniaus kalvos buvusias kapines.

1867 m. toje pačioje vietoje pastatyta mūrinė neobizantinio stiliaus Šv. Mikalojaus Stebukladario cerkvė su varpine. Cerkvė buvo gerokai prabangesnė nei prieš tai stovėjusi bažnyčia, joje įrengta daugybė ikonų bei prabangių, dekoruotų liturginių knygų – taip stengtasi į stačiatikybę pakreipti daugiau vietos žmonių.

Žemė Telšių parapijai grąžinta 1935 m., stačiatikių bendruomenė už tai gavo kompensaciją. Pastatą svarstyta griauti ir perstatyti. Galiausiai nuspręsta jį tik pertvarkyti. Lietuvą okupavus sovietams, bažnyčią bandyta uždaryti, tačiau dėl didelio bendruomenės pasipriešinimo to padaryti nepavyko.

Telšių Švč. Mergelės ėmimo į dangų bažnyčia XXI a. atnaujinta dar kartą, tačiau vis dar turi plačią ir gana neįprastą stilių įvairovę – jai priskiriami neogotikos, neobaroko ir neobizantinio stiliaus bruožai.